Coordenado pela professora Denise de Freitas, localizado no Edifício de Pesquisa II. Trata-se de um laboratório multidisciplinar, inaugurado em 2010 e voltado integralmente ao ensino e pesquisa, com foco na formação de alunos de iniciação científica e alunos de pós-graduação nos diferentes níveis de aperfeiçoamento (mestrado, doutorado e pós-doutorado).
O laboratório está estabelecido em espaço físico de 15 metros quadrados e conta com infra-estrutura básica de materiais permanentes (equipamentos) e materiais de consumos necessários para o desenvolvimento das linhas de pesquisas em: Biologia celular de amebas de vida livre de importância na oftalmologia e ciência visuais; biologia celular de microsporídios de importância na oftalmologia e ciência visuais; biologia molecular de Acanthamoeba spp, com ênfase no estudo do genoma, transcriptoma e proteoma do protozoário; diagnóstico molecular de infecções oculares por Acanthamoeba spp e microsporídios; clonagem e expressão gênica de fatores de virulência e resistência associados à interação parasita-hospedeiro; estudo de citotoxicidade de agentes antimicrobianos em modelos celulares da superfície ocular; secretoma e metabuloma de Acanthamoeba spp.
Podemos destacar os seguintes equipamentos do CEPA destinados aos estudos celulares e moleculares das ceratites parasitárias: sistema completo de microscopia e fotodocumentação digital, incubadoras BOD, estufa bacteriológica, autoclave vertical, termociclador, balança analítica, banho-seco, espectrofotômetro, concentrador centrífugo a vácuo, sistema de eletroforese vertical e horizontal, sistema de purificação de água, bancada de fluxo laminar, transiluminador e sistema de fotodocumentação para géis de eletroforese, contador automático de célula, capela de exaustão, maquina de gelo, refrigerador, freezer, freezer de ultrabaixa temperatura e microondas. A fim de proporcionar o perfeito desenvolvimento de suas linhas de pesquisa, o CEPA conta com o apoio de assessores e colaboradores científicos de instituições nacionais e internacionais, por exemplo, Universidade de São Paulo (ICB-USP), Instituto Butantã (Laboratório de Bioquímica e Biofísica) e Centro de Controle e Prevenção de Doenças dos Estados Unidos (CDC).
